石墨舟的清洗步驟如下：
1>.一般石墨舟在運行 100 至 120 次后就應該對石墨舟進行清洗,石墨舟清洗次數達到后，硅片會發紅。 這是因為舟上的 SiN 會隨著運行次數的增加而增加，影響舟的正常使用。
2>.在室溫條件下 (<40°C)，將舟放入32升HF酸中，大約高過石墨舟1.5cm左右。
濃度是 10%， 腐蝕時間為 10-12小時。低濃度條件下，腐蝕槽會被產生的 SiN 顆粒污染，因此需要進行定期的過濾維護。 濃度高于 10%會對操作人員造成危險。其他部件應該被分開放入腐蝕槽內并且不可互相接觸，這樣 HF 酸就可以腐蝕到任何部位，這對于石墨連接塊而言更為重要。
3.在 2 號純水槽內將其用純水漂洗3次，每次2-3小時。
用 PH-試紙檢查流動的水是不是中性的（基本數值5-6弱酸，為正常），必須保證蝕刻殘渣（SiF4）都已經被洗掉，任何蝕刻殘渣被帶入爐管都可能引起沾污或者工藝問題。 可以在石墨上看到白色的一層就是殘渣，其他部件都必須分開放置這樣可以避免酸液殘留在其中。
4.用氮氣槍吹干，在 120-150℃條件下，將石墨舟烘干10-12小時。
接著進行鍍舟工藝，花費3小時20分-4小時。鍍舟工藝與普通工藝不同，在鍍舟結束后，先進行空鍍，空鍍后再進行插片使用。
5.酸洗排酸時，噴淋要打開。水洗排水時，鼓泡要打開，讓其流動。一般酸洗10-12小時可洗干凈，如果沒洗干凈可先嘗試補酸4升，直到清洗干凈為止。還是沒法洗凈的話，需要嚴查清洗時間是否符合標準。
